تأسست كنيستنا في ١٣ أبريل ٢٠١٣م في مدينة ياي بجنوب السودان، وكانت تعمل بشكل مستقل ككنيسة نظامية متحدة ، بدأنا بـ ٣٩ كنيسة تضم ٢٣،٦٢٣ شخصًا. وبصفتنا كمجموعة من الكنائس المستقلة غير الطائفية في السودان، اخترنا الانضمام إلى إدارة موثوقة بعد أن كنا بلا أساس إداري لفترة طويلة. أطلقت المجموعة التي شكلت هذه المجموعة السودانية عليها اسم الكنيسة المستقلة غير الطائفية لأنها كانت تتكون من مجموعات كنسية مختلفة انبثقت من طوائف كنسية أخرى وقررت البقاء في اتحاد وتجمعت معًا لتشكيل هيئة إيمانية جديدة بأسلوب عبادة جديد. كانت هذه المجموعات تضم بشكل رئيسي أشخاصًا من طوائف رئيسية مختلفة مثل (الأنجليكانية الأسقفية، والكاثوليكية الرومانية، والإنجيلية، وكنيسة المسيح)، تليها مجموعات فرعية كانت تعمل حديثًا في السودان مثل (الكنيسة الأسقفية النظامية، والكنيسة المشيخية، واللوثرية).